电商公司增值税的缴纳方式如下：
确定纳税人身份
小规模纳税人：增值税按商品销售收入（不含税）乘以3%计算，并按月申报。
一般纳税人：增值税按商品销售收入（不含税）乘以17%计算，并按月申报。一般纳税人可以抵扣进项税。
计算增值税
小规模纳税人：增值税 = 商品销售收入（不含税）× 3%。
一般纳税人：增值税 = 商品销售收入（不含税）× 17%。
附加税费
城建税：应纳城建税 = （应纳增值税 + 营业税） × 7%。
教育费附加：应纳教育费附加 = （应纳增值税 + 营业税） × 3%。
堤防防护费：营业收入 × 0.02%（某些地区可能不收）。
个人所得税
个人所得税实行全员全额代扣代缴，无论工资薪金是否超过2000元，均需如实申报。
企业所得税
企业所得税 = 利润总额 × 25%。
申报流程
一般纳税人：按月向国税局申报增值税、城建税、教育费附加等，并在每月15号前提交财务报表和申报表。
小规模纳税人：按月向国税局申报增值税，并向地税局申报城建税、教育费附加、个人所得税等。
进口货物
进口货物后再销售，增值税一般纳税人按销售额的16%缴纳增值税，小规模纳税人按销售额的3%征收增值税，均在海关处进行申报。
建议
小规模纳税人：重点在于准确计算销售额并按时申报增值税及其附加税费。
一般纳税人：除了按月申报增值税及其附加税费外，还需关注进项税的抵扣，以降低税负。
无论何种纳税人，都应确保依法履行纳税义务，并充分利用税收优惠政策。
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